2006
Институт языка, литературы и истории // Академическая наука в Карелии: 1946–2006: в 2 т. Т. 2. М.: Наука, 2006. C. 10–52.
Маркировка границы в топонимии Заонежья // Ad fontes verborum. Исследования по этимологии и исторической семантике: К 70-летию Ж.Ж. Варбот. М.: Индрик, 2006. C. 245–255.
ГИС-технологии в исследованиях топонимии Карелии / И. И. Муллонен, Е. В. Лялля // Вестник Российского гуманитарного научного фонда. 2006. № 1. С. 159–168.
Три публикации по прибалтийско-финской филологии // Известия РАН. Серия литературы и языка. 2006. № 5. С. 59–64.
Сакральная топонимия Заонежья // Поморские чтения по семиотике культуры. Вып. 2. Сакральная география и традиционные этнокультурные ландшафты народов Европейского Севера: Сб. науч. ст. Архангельск: Изд-во Помор. ун-та, 2006. С. 121–128.
Топонимические этюды Вологодской земли // Вепсы: история, культура, современность: Материалы науч.-практ. конф. 29 марта 2006 г. Вологда: ВГПУ, 2006. С. 63–72.
Наука о вепсах на рубеже столетий / В. П. Орфинский, И. И. Муллонен, И. Ю. Винокурова // Современная наука о вепсах: достижения и перспективы: (памяти Н. И. Богданова). Петрозаводск: КарНЦ РАН, 2006. С. 7–33.
Формирование системы расселения в южновепсском ареале // Современная наука о вепсах: достижения и перспективы: (памяти Н. И. Богданова). Петрозаводск: КарНЦ РАН, 2006. С. 224–237.
Формирование этнолингвистической карты Карелии // Северная Европа в XXI веке: природа, культура, экономика. Т. 2: Материалы Междунар. конф., посвящ. 60-летию КарНЦ РАН (24–27 окт. 2006 г.). Секция «Общественные и гуманитарные науки». Петрозаводск: КарНЦ РАН, 2006. C. 130–132.
Фонетическая интеграция прибалтийско-финской топонимии в русскую топонимию Заонежья // Славянизация Русского Севера. Механизмы и хронология / Под ред. Ю. Нуорлуото. Slavica Helsingiensia 27. Хельсинки, 2006. С. 282–292.
N. Zaitsevan vuotsijuhla // Linguistica Uralica XLII. 2006. № 2. С. 130–133.
2007
Введение в финно-угроведение: учеб. пособие на фин. яз. Петрозаводск: Изд-во ПетрГУ, 2007. 124 с.: ил. Загл. обл.: Johdatusta fennougristiikaan.
Загадка Выга // Комплексные гуманитарные исследования в бассейне Белого моря. Петрозаводск: Острова, 2007. С. 200–203.
Заонежье как центр и периферия топонимных ареалов Карелии // Рябининские чтения 2007: Материалы V науч. конф. по изучению народной культуры Рус. Севера. Петрозаводск: Изд-во ГИАЭМЗ "Кижи", 2007. С. 245–249.
Топонимический атлас Карелии: проблемы и перспективы // Финно-угорская топонимия в ареальном аспекте: Материалы науч. симпозиума. Петрозаводск: КарНЦ РАН, 2007. С. 7–19.
Этнокультурный потенциал вепсской топонимии // Studia Slavica Finlandensia. Tomus XXIV. Вепсы и этнокультурные перемены XX века. Семинар в г. Санкт–Петербурге 5–6 окт. 2006 г. Хельсинки, 2007. С. 39–56.
Рец. на кн.: Дмитриева Т.Н. Топонимия бассейна реки Казым. Екатеринбург: Изд-во Урал. ун-та, 2005 // Вопр. ономастики. 2007. № 4. С. 134–137.
Экспедиция на Осудареву дорогу // Вопр. ономастики. 2007. № 4. С. 174–179.
Das wepsische Personennamensystem // Europäische Personennamensysteme. Ein Handbuch von Abasisch Zentralladinisch. Hamburg, 2007. S. 231–240.
Ancient Place Names of Obonež’je in the Context of Ethnic and Linguistic Contacts // Topics on the Ethnic, Linguistic and Cultural Making of the Russian North / Ed. by Juhani Nuorluoto. Slavica Helsingiensia 32. Helsinki, 2007. P. 163-175.
Toponym Contacts along the River Svir Рус Eng // Onomastica Uralica 4. Borrowing of Place Names in the Uralian Languages. Debrecen–Helsinki, 2007. P. 141–157.
2008
Топонимия Заонежья: словарь с историко-культурными комментариями. Петрозаводск: КарНЦ РАН, 2008. 240, [1] с.: карты.
Словарь топонимов Заонежья: Проект // Севернорусские говоры. Вып. 9. СПб.: Изд-во СПбГУ, 2008. С. 70–102.
Вепсские материалы и исследования в Институте языка, литературы и истории КарНЦ РАН // Вепсы на рубеже XX–XXI веков. По материалам межрегиональной научно-практической конференции «Вепсы – коренной малочисленный народ Российской Федерации: перспективы сохранения и развития» Петрозаводск, 24–25 апр. 2008 г. Петрозаводск, 2008. С. 50–56.
Границы топонимных ареалов Карелии: материалы атласа / И.И. Муллонен, Д.В. Кузьмин // Границы и контактные зоны в истории и культуре Карелии и сопредельных регионов: Гуманитарные исследования. Вып. 1. Петрозаводск: КарНЦ РАН, 2008. С. 217–256.
К истокам вепсских фамилий прионежских вепсов // Историко-культурное наследие вепсов и роль музея в жизни местного сообщества: сборник научных трудов по итогам международной конференции, посвященной 40-летию Шелтозерского вепсского этнографического музея, Петрозаводск – Шелтозеро, 30–31 окт. 2007 г. / редкол.: М. Л. Гольденберг и др.]. Петрозаводск, 2008. С. 158–164.
Топонимия как отражение этнического прошлого Сямозерья // История и культура Сямозерья. Петрозаводск: Изд-во ПетрГУ, 2008. С. 25–38.
Рец. на кн.: Saarikivi J. Substrate Uralica: Studies on Finni-Ugrian Substrate in Northern Russian Dialects. Tartu: Tartu University Press. 2006 // Вопр. ономастики. 2008. № 5. С. 183–188.
Возвращаясь к Онегаборгу: прибал.-фин. прошлое Петрозаводска // Курьер Карелии. 2008. 10 янв. С. 5.
2009
Вепсские карты в топонимическом атласе Карелии // Этнолингвистика. Ономастика. Этимология: Материалы междунар. науч. конф. Екатеринбург 8–12 сент. 2009 г. Екатеринбург: Изд-во Урал. ун-та, 2009. С. 184–185.
Топонимический атлас Карелии в финно-угорском контексте // Языки и культура финно-угорских народов в условиях глобализации: Материалы IV Всероссийской конференции финно-угроведов. Ханты-Мансийск, 2009. С. 15–17.
Международная конференция «”Калевала” в контексте региональной и мировой культуры» (Петрозаводск, 2–6 июня 2009 г.) // Вестник Российского гуманитарного научного фонда. 2009. № 4(57). С. 257–262.
Рец. на кн.: С.А. Мызников. Атлас субстратной и заимствованной лексики русских говоров Северо-Запада. СПб.: Наука, 2007. 395 с. // Вопросы языкознания. 2009. № 3. С. 150–154.
Типы языковых состояний в истории Заонежья // Севернорусские говоры. Вып. 10. СПб.: Изд-во СПбГУ, 2009. С. 5–15.
Seesjärven historiaa paikannimien kertomana // Carelia. 2009. № 5. S. 89–93.
Georgi Kert on poissa: [muistokirjoitus] / S.L. Katanandov ym. // Karjalan Sanomat. 2009. 30. syysk. (№ 38). S. 3.
Finnisch-ugrisches Substrat in der Toponymie des Russischen Nordens: eine neue Einstellung zum alten Problem // Finnisch-ugrische forschungen. Helsinki, 2009. S. 229–238.
2010
Формирование этноязыковой карты Карелии (по материалам топонимического атласа) // Адаптация народов и культур к изменениям природной среды, социальным и техногенным трансформациям. М., 2010. С. 424–427.
Формирование диалектной карты карельского языка в контексте карело-вепсского контактирования // Karelia Written and Sung: Representations of Locality in Soviet and Russian Contexts. Helsinki : Kikimora, 2010. С. 16–28.
Язык и культура Поморья в "Словаре живого поморского языка в его бытовом и этнографическом применении" И.М. Дурова / И.И. Муллонен, В.П. Кузнецова // Ученые записки Петрозаводского государственного университета. Сер.: Общественные и гуманитарные науки. 2010. № 1 (106). С. 104–105.
Рец. на кн.: Кюршунова И.А. Словарь некалендарных личных имен, прозвищ и фамильных прозваний Северо-Западной Руси XV–XVII вв. // Вопр. ономастики. 2010. № 1. С. 137–142.
"Нам есть чему поучиться у древних... " / интервьюер Е. Пиетиляйнен // Север. 2010. № 7/8. С. 90–93.